Biologi sistem merupakan pendekatan revolusioner dalam memahami kehidupan, yang menggabungkan berbagai cabang ilmu seperti genomik, biokimia, dan biologi molekuler. Tujuan utamanya adalah untuk mendapatkan pemahaman yang holistik terhadap makhluk hidup sebagai sebuah sistem terintegrasi.
Dalam upaya mencapai tujuan ini, biologi sistem menggunakan berbagai strategi yang inovatif. Salah satunya adalah dengan melakukan pengukuran kuantitatif terhadap komponen seluler, termasuk mRNA, protein, dan metabolit. Data yang dihasilkan kemudian digunakan untuk mengembangkan model matematika yang memadukan pemahaman biokimia dengan informasi yang diperoleh dari eksperimen.
Pengembangan model ini memerlukan perangkat lunak yang mutakhir untuk mengolah, menganalisis, memvisualisasikan, dan mensimulasikan data yang kompleks. Di sinilah peran penting bioinformatika menjadi terlihat. Beberapa perangkat lunak yang digunakan dalam biologi sistem antara lain Systems Biology Markup Language (SBML), Systems Biology Workbench (SWB), CellDesigner, dan COPASI.
SBML adalah format standar yang digunakan untuk merepresentasikan model reaksi biokimia dan jejaring regulasi dalam bentuk formal. SWB merupakan kerangka perangkat lunak yang berisi berbagai alat untuk membangun, menyunting, dan menganalisis jejaring biokimia. Sedangkan CellDesigner adalah program berbasis Java yang digunakan untuk membangun dan menyunting jejaring biokimia, serta COPASI adalah simulator model independen yang dapat bekerja dengan berbagai format model.
Melalui penggunaan perangkat lunak ini, ilmuwan dapat melakukan simulasi, analisis, dan visualisasi data dengan lebih efisien. Selain itu, basis data biologi molekuler skala besar seperti GenBank dan Protein Data Bank juga memberikan kontribusi besar dalam membantu penelitian dalam bidang biologi sistem.
Dengan pendekatan yang holistik dan menggunakan teknologi mutakhir, biologi sistem membuka jalan bagi pemahaman yang lebih dalam tentang kehidupan. Ini tidak hanya membantu kita memahami fungsi dan interaksi dalam sel, tetapi juga membawa dampak besar dalam berbagai bidang, dari kesehatan hingga pertanian dan energi terbarukan.
Sumber: